欧洲分子生物学实验室的研究人员的欧洲生bdapp官方下载安卓版物信息学研究所(EMBL-EBI)已经开发出一种新方法研究癌症药物的目标和影响使用的数据发现质谱(MS)实验。这项研究发表在自然通讯。
理解生物信号通路调节代谢和基因表达是具有挑战性的,因为很多事情发生。但这种理解是至关重要的对于了解药物如何影响健康和癌症细胞。蛋白激酶发挥关键作用在这些途径打开和关闭某些蛋白质的过程称为磷酸化和因为这样的途径往往放松管制的癌症,激酶抑制剂被用作治疗。
创建模型的信号通路和网络,研究人员使用的数据发现质谱phospho-proteomics的工具研究成千上万的磷酸化蛋白质表达的细胞在特定的时间。这样的模型可以用来测试药物的潜在影响计算。
“女士是一个非常强大的工具,因为它让你看活动,比如在大量蛋白质磷酸化一次”,Julio Saez-Rodriguez EMBL-EBI访问组长说。“但数据通常是很嘈杂的,随机的成千上万的蛋白质在细胞的措施。这有点像试图让伦敦地铁地图基于随机央视照片。”
直到现在,方法使用phospho-proteomics女士数据让研究人员在正确的轨道上在一般意义上,例如指向的激酶组可能是活跃在一个示例。强劲的新方法重建途径,让研究人员要求更精确的关于药物如何影响蛋白质和途径问题。
“我们从女士实验方法以吵闹的数据,也就是这个大网络与许多相互关联的级联激酶活动,过滤噪音和集成数据。这样做是完全在我们的背景下了解激酶及其基质,所以你可以看到如何连接”,卡米尔Terfve解释说,一个国际博士生EMBL胡里奥的实验室。”然后你可以比较与信号会发生什么,例如,如果你使用一种抑制剂或另一个。所以,它可以显示系统药物真的做什么,除了最初认为需要的方向。”
由于与Cutillas实验室合作Barts癌症研究所、伦敦大学玛丽皇后,研究人员能够使用数据使用激酶抑制剂在乳腺癌细胞从实验演示方法。
“有很多知识关于蛋白激酶磷酸化以及它们如何影响,我们一起把这个女士的巨大的潜力来创建和测试逻辑模型,提供一个清晰的路径研究”,胡里奥说。“女士产生如此多的数据,很难通过筛选,我们可以开始看到的森林树木,并定义哪些信息是非常重要的。”
“这真是激动人心已经找到一种方法来更好地利用数据,女士和使用生物信息学使癌症研究更有效”,增加了卡米尔。
