计算机模拟提高质谱

金泽大学的一组研究人员主要使用一个强大的分子动力学模拟,以便更好地理解影响的过剩电荷分子由质谱仪测试。他们模仿的效果增加分子的电荷相反为了中和多余的费用。在这种情况下,对聚乙二醇(PEG)的正电荷可以减少通过碰撞与带负电荷的没有₂^{- - - - - -}离子。

然而,这是复杂的碰撞的可能性取决于电荷的数量放在第一位。“带电聚合物可以采用电荷状态依赖结构由于静电拉伸”,第一作者Tomoya Tamadate说。例如,用小过剩电荷,盯住假定一个紧凑的形式。然而,随着电荷的增加,正电荷之间的相互排斥导致它理顺。

图2。发达的大纲计算模型(continuum-molecular动力学仿真混合方法)。在这个模型中,当间距离是足够大,相对运动是由扩散方程描述(连续),同时在一个特定的距离(显示为虚线),分子动力学(MD)模拟是利用计算轨迹。为了降低计算成本,他们执行的MD模拟气体分子只安排在目标离子。

帮助加速计算,研究小组使用了“连续近似”的方法,它才开始模拟的所有原子₂^{- - - - - -}分子一旦接近接近挂钩。

图3。(a)的重组(碰撞)率系数挂钩离子与不同数量的指控。这个碰撞率系数显示良好的协议与实验测量减速率。(b)转化的速度分布₂^{- - - - - -}离子碰撞。我们预计的动能可以用来评估collision-induced反应的可能性。

“这个项目的成功显示,可以使用混合continuum-molecular动力学模拟研究更一般的collision-driven反应分子,可以在不同的构象”,资深作者Takafumi濑户说。结果可能导致更有效的方法控制超额收费的样品分子,这将允许更精确的结果。