识别和定量的蛋白质利用大众spectrometry-based肽复合标签方法|光谱学欧洲和世界半岛综合体育官方APP下载德甲bdapp官方下载安卓版

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布莱恩·威廉姆森和Subdoh Nimkar

美国应用生物系统公司、弗雷明汉马

介绍

质量spectrometry-based标记方法使大组蛋白的相对表达水平来衡量和量化的高度自动化。这些技术的采用等压标签之一同时识别和量化的蛋白质从多个样品在一个多元分析。¹等压肽标签可以池蛋白质样品不增加质谱(MS)分析的复杂性,或者失去重要的翻译后修饰(天车)信息。一套新的等压标记试剂最近变得可用,第一次允许多达八个不同的蛋白质样品多路复用(8丛),翻倍的状态数,可以比较。²这个实验设计提供了更大的灵活性,如允许更多的试验样本比较在单个运行或允许包含更多的重复在同一样本增加统计支持。8丛方法也有可能增加样本的吞吐量,同时减少时间和劳动力的成本。

新8丛试剂,iTRAQ试剂(应用生物系统公司),amine-specific,稳定同位素试剂使用4丛一样的化学试剂。¹可以标记多个多肽/蛋白质,增加信心,从MS / MS谱识别和定量。相同的多肽标签不同的试剂表现出相同的父离子;MS / MS父离子生成独特的签名的碎片离子区分单个样品,和样品之间的相对丰度可以决定(图1)。8丛记者离子(等压标签)是113,114,115,116,117,118年、119年和121年。²

图1所示。工作流程:3,一旦贴上等压iTRAQ reagents-8plex,八个人消化蛋白质样品池女士进行进一步的处理和分析。每个肽检测到女士,然后被MS / MS分析。此外,每一个等压标签产生一个独特的记者离子在MS / MS谱识别样本肽源自及其相对丰度。

这些新试剂的有效性在量化中八个州同时决定对一组已知的肽和蛋白质,³本文概述了。标签的试剂进行评估效率,破碎效率和精度和定量的准确性。

标签效率

一次课程three-peptide组合进行了研究。三肽选择包含单、双和三标签网站[* LNENIR, * ETLDPSAPK * * LSLGGLLQPEK * PVVLK *;(*表示潜在的标签网站)]。three-peptide组合第一次被贴上113丛试剂的记者离子30分钟,然后115标签添加反应30分钟;这是重复三个额外的试剂。MS / MS的标签肽* LSLGGLLQPEK * PVVLK *显示强劲的113名记者离子;115年、117年、119年和121年记者离子缺席,建议治疗后完整的标签与113年试剂(参见图2)。

图2。标签效率:记者从MS / MS离子地区(上)标记肽(* LSLGGLLQPEK * PVVLK *)显示了强劲的113年记者离子和没有115年,117年,119年和121年记者离子,建议治疗后完成标签113试剂。3记者离子的相对比率三肽(底部)表明,30分钟后的反应是98%完成。

相对定量的准确度和精密度

碳酸酐酶在不同浓度和ovotransferrin飙升six-protein混合成八瓶。样品消化,与8丛试剂标签一式三份,分析QSTAR精英LC / MS / MS系统(应用生物系统公司)。观察到的比率从所有八个蛋白质接近预期的值。³方差系数(简历)是观察serotransferrin肽和平均计算简历所有八个试剂是14%。

信号放大

six-protein混合标签所有8个8丛试剂和两个池。Ovotransferrin标签只有113 8丛试剂添加到第一个游泳池,和Ovotransferrin标签的所有八个试剂攀升到第二个池。这是一个八ovotransferrin的总浓度的增加,但ovotransferrin贴上113试剂的浓度保持不变。两个池的LC / MS / MS分析显示一个清晰的放大的MS / MS碎片离子和增加ovotransferrin蛋白覆盖(从29%到63%)。³

结论

蛋白质表达谱的方式从复杂的蛋白质混合物可以在蛋白质组学领域的研究正在迅速扩大。^2、4多路8丛peptide-labelling试剂是一个强大的蛋白质定量方法准确。独特的等压自然试剂同时允许多达八个样品处理,标签效率超过98%。这些试剂是一种有效的和可再生的方法量化差异表达蛋白质。

引用

P.L.罗斯,黄Y.N. J.L. Marchese b·威廉姆森k·帕克,s . Hattan n . Khainovski皮拉伊,戴伊,丹尼尔斯,s . Purkayastha p . Juhasz美国马丁,m . Bartlet-Jones f .他D.J. Pappin a .雅各布森和“复合蛋白定量酿酒酵母使用amine-reactive等压标记试剂”,摩尔。细胞。蛋白质组学1154 - 1169 (2004)。https://doi.org/10.1074/mcp.M400129-MCP200
l .崔承哲,m . D 'Ascenzo天然橡胶Relkin, D . Pappin p·罗斯,威廉姆森,美国哈德角海恩尼斯主街Guertin p Pribil K.H.李,“8-Plex脑脊液蛋白表达变化的定量学科接受静脉注射immunoglobin治疗阿尔茨海默氏症”,蛋白质组学3651 - 3660 (2007)。https://doi.org/10.1002/pmic.200700316
多路复用使用iTRAQ蛋白质定量^®Reagents-8plex。技术报告,可以从应用生物系统公司(www.appliedbiosystems.com)。
'Ascenzo m . D, l . Choe K.H.李,“iTRAQPak:基于R的分析和可视化方案8-plex等压蛋白表达数据”,简短。功能。基因组蛋白质组学。,2008年2月13日在线发表。