在云是谁?:第三部分

安东尼·n·戴维斯^a、b和莫汉Cashyap^c

^一个战略研究基测定和分析科学,阿克苏诺贝尔公司,代芬特尔,荷兰
^b国家电力、可持续环境研究中心、学院计算,工程和科学,英国格拉摩根大学
^c马恒达科技公司质量信息,,位于英国和伦敦,英国

以下从最近的两篇文章如何云可能会影响可用性的科学软件交付光谱学家,在这个问题上,我们想看看更广泛的商业光谱软件供应商在这一领域一直在做的。半岛综合体育官方APP下载德甲

先进的光谱分析软件供应商之间是什么?半岛综合体育官方APP下载德甲

最初,莫汉的这一领域的研究非常困难,有这么多的科学领域或“时髦”it驱动的概念,有许多不同的理解“云”的软件供应商。光谱数据处理应用程序的交付是一个利基市场没有日常办公软件产品的销售量,因此没有大型团队的软件开发人员和产品经理背后推动他们的产品在信息技术的前沿。事实上,它可能是公平地说,与操作系统提供商的增加速度改变他们的基础平台,支持旧版本我们很幸运,我们的光谱学供应商成功地让他们的产品运行!半岛综合体育官方APP下载德甲然而,在最初的震惊的沉默实际上是开始出现了是什么样子的一个很好的照片。我们需要明确我们实际上是在寻找什么。所以快速修正我们的NIST云计算的基本特征是:按需自助服务、广泛的网络访问、资源池、快速弹性和可度量的服务。可能潜在的服务模型变化通过软件即服务(SaaS)、平台即服务(PaaS)基础设施即服务(IaaS)。部署模型是各种私有云、社区云、公有云或称为混合云。更详细的对比这些描述在我们的环境中看到我们早些时候列。^1,2,3

现在有趣的是,在与光谱软件供应商联系,讨论我们发现类别实际上他们想把他们的产品取决于他们的角色在他们的组半岛综合体育官方APP下载德甲织。当然最简单的区别就是是否需要安装软件到桌面,如果这不是云计算……当然除非你安装一些应用程序实际上只是作为前端提供的功能从“云”的中央化服务器,和没有任何自己的独立能力。如果你处理数据通过一个基于网络的应用程序在您的浏览器,然后软件可能是一个云应用程序…但是我们需要查看安装的细节,你的组织可能合同与软件提供者的范围已超出本月的专栏!所以让我们看看反应我们有收到一些熟悉的光谱软件提供商和他们承担云计算提供。半岛综合体育官方APP下载德甲

开始按字母顺序用ACD /实验室。他们的早期采用者的可能性提供光谱数据处理作为支付服务(会议“测量服务”特征)通过一个基于web的前端来代替他们与实验室的本地工作站上安装解决方案产品。⁴此后产品进一步发展和有一个完全不同的外观与NMR的预测功能和预期的物理特性也可用(图1)。

这个模型也可用于任何云部署模型应该“公共”企业IT / IP政策是不可接受的。迈克帕廷(ACD /实验室的高级主管全球销售和战略伙伴关系)是非常积极的描述他们的想法对云服务”而毫无疑问,组织实现高成本节约将化学和分析工作外包给合作伙伴在全球范围内,这导致了赞助商组织知识缺口。通过直接雇用科学家不再做一些项目的相关工作,知识和技能越来越分散,迷路了。此外,许多使用数据传输机制是笨重的和有限的。我们听到所有关于死亡数据的效率转移的形式pdf文件,图纸,表格和图片,相信有一个更好的、更有效的方式。解决方案需要从组织承诺接受技术在云计算和网络。很明显,这是这个行业问题的答案的基础。”

LabCognition的⁵克劳斯Schurmann和麻仁Fiege描述云的使用作为一个明显的前进的光谱数据分析和解决方案交付,有趣的是,据我们所知唯一,还包括仪器控制。具体经验理解和发展多厂家的仪器控制以及先进的光谱数据处理他们最近完成了成功的功能迁移和部署一个专门Cloud-capable环境调用SciGear它们。这个解决方案包括光学光谱仪器控制功能如红外、近红外、拉曼光谱和紫外可见光谱,以及功能实现光谱和最优化工作流到简单的基于web的“应用程序”(请参见图2)。半岛综合体育官方APP下载德甲

迷人的跟他们是这个解决方案部署在一个安全的能力企业云环境和控制全球仪器在不同地点。明显的真正当你有可用的功能;但这带来了许多非常有趣的可能性安全工具部署策略的法律定位和存储分析数据扮演重要的角色。

MestreLab研究是众所周知的NMR和GC / Mnova LC /质谱分析软件解决方案,一直是开发重点将先进的数据处理功能集成到他们的客户承认的工作实践的重要性,帮助生产力保持尽可能简单的报告。卡洛斯Cobas (Mestrelab研究的联合创始人和总裁)解释说,他们的开发工作最近包括部署面向新的强有力的化学结构/反应的电子实验室笔记本解决方案“Mbook”云部署的能力目前接受最终用户验收测试(图3)作为本地应用运行的能力,而不是在web浏览器。

卡洛斯说“基于云的解决方案铺平道路的高吞吐量结构验证小分子旨在计算之间的兼容性程度,提出了分子结构和光谱数据的一个或多个组。计算资源的能力可以动态的上下伸缩以满足不同工作负载,例如,根据待分析的数据的大小,是一个关键的功能,支持云计算技术相对于其他传统的模型。这个概念可以扩展到核磁共振的计算昂贵的计算参数如涉及DFT / GIAO模拟所有的基础设施可以被定义,最终客户是孤立于复杂的安装QM包或选择集的基础。”

另一个开创性的产品是在银河之间的协作开发的那些时光,现在行业和Nicolet的热费希尔科学的投资组合的一部分称为FTIRsearch(图4)。⁶

我们很高兴听到它最近修补一个云提供。大卫·乔伊斯(高级产品经理、信息学、热费希尔科学)评论道:“热费希尔在云技术的前沿了十多年。FTIRSearch.com,光谱学家服务了近15年,1月份收到第四大修搬到一个完全的虚拟基础设施。最近的举措包括小说中协作质量光谱数据库MZCloud.org和lifetechnologies.com的云套件平台。后者,其应用的云计算能力巨大的下一代测序数据集,演示了一个新维度的仪器数据处理超越台式电脑的限制。”

杰夫•西摩(Modgraph顾问)很大有经验的光谱学家和本专栏的长期支持者,拟定了一些“云能力”系统的列表,但重申,他担心在使用质量差的数据进入公开可用的预测软件。

http://www.hmdb.ca:这不是严格考虑基于云资源,但它确实是一个非常有价值的web服务器,其中包含许多代谢产物的核磁共振光谱。我甚至认为它包含了一些API,这样任何一个基于云的应用程序都可以使用它。

http://www.chemspider.com:它还包含许多搜索核磁共振光谱和一个API来构建基于云的解决方案。

通用J耦合(http://www.perchsolutions.com/juniper.html):商业预测的“云计算”的系统核磁共振标量耦合。使用云存储核磁共振数据分布。⁷

http://www.nmrdb.org:预测和物品清单。

光谱搜索其他基于“云”的计划和预测得到应用是付费服务,如:Bio-Rad Sadtler KnowItAll企业服务器⁸和威利SpecInfo在线。⁹

别人提供免费光谱搜索,如:深发展http://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/cre_index.cgi和C13光谱相似性搜索基于6100万预测从沃尔夫冈Robien PubChem结构:http://nmrpredict.orc.univie.ac.at/similar/eval.php。

也有与NMRShiftDB免费预测程序http://nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.deSpinus,http://www2.ccc.uni-erlangen.de/services/spinus/。

最后,还有“机器人裁判”沃尔夫冈Robien那些鼓励发布文章包括C13光谱数据上传数据,自动检查是否准备或大或小的出版物或是否需要修订。¹⁰一些出版商可能会坚持在未来,所有的数据都是通过这样一个自动程序。

杰夫指出的一些问题这些移植遗留系统的功能,现在可以通过基于网络的前端。

“…几乎所有当前项目倒了,他们太手动操作。举个例子,如果有人想要运行一个光谱在线搜索,他们刚刚在频谱测量,他们想要这样做的点击按钮,从在他们的光谱处理方案。他们不会想要手动输入所有的山峰。似乎是有缺口的方法包括市场提供的在线搜索和预测能力在上面列出的项目在软件被用于处理光谱数据。”

结论

所以,我们可以看到有一些活动在移动软件支持光谱学家到云虽然最初是一个战斗识别它。希望,当我们培养下一代的分析师生应用和平板电脑的世界里我们更多的服务提供商将把握机会可以提高光谱数据处理分布式和用户友好的!

引用

1. p .干预和t .光亮型,NIST的定义云计算。NIST的特殊出版800 - 145 (2011)。http://csrc.nist.gov/publications/nistpubs/800 145/sp800 - 145. - pdf
2. A.N.戴维斯和m . Cashyap”在云?-一个“光谱学欧洲26 半岛综合体育官方APP下载bdapp官方下载安卓版德甲(3),21 - 22 (2014)。http://bit.ly/tdcloud1
3. A.N.戴维斯,m . Cashyap r·兰开夏郡和m .汉森在云?-二:探索分布式、多服务器1 h NMR预测”,光谱学欧洲26 (5),16 - 17 (2014)。半岛综合体育官方APP下载德甲bdapp官方下载安卓版http://bit.ly/tdcloud2
4. A.N.戴维斯,“在线服务为你的桌面pay-as-you-surf principle-ACD /实验室教学实验室”,光谱学欧洲13 (1),22 (2001)。半岛综合体育官方APP下载德甲bdapp官方下载安卓版http://bit.ly/1DJtJzw
5. www.labcognition.com
6. A.N.戴维斯,“更多参考光谱数据在互联网上!那些时光/ FTIRsearch Nicolet银河行业新合资企业”,光谱学欧洲12 (5),30-36 (2000)半岛综合体育官方APP下载德甲。bdapp官方下载安卓版http://bit.ly/ftirsearch
7. d . Soulsby“使用云存储进行核磁共振数据分布”,j .化学。建造。89年,1007 - 1011 (2012)。doi:http://dx.doi.org/10.1021/ed2005906
8. http://www.bio-rad.com/en-us/product/半岛综合体育官方APP下载德甲spectroscopy-software/knowitall-en…
9. http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9780471221692
10. http://nmrpredict.orc.univie.ac.at/c13robot/robot.php