简化光谱补充数据收集|光谱学欧洲和世界半岛综合体育官方APP下载德甲bdapp官方下载安卓版

全文PDF

安东尼戴维斯,^a、b大卫•Martinsen^c亨利·s . Rzepa^d查尔斯•罗曼^d奥古斯汀•胡须,^e费利佩•Seoane^e圣地亚哥Dominguez^e和卡洛斯Cobas^e

^一个战略研究小组,测量和分析科学,阿克苏诺贝尔化学品b.V。代芬特尔,荷兰
^b国家电力、可持续环境研究中心、学院计算、工程和科学,英国南威尔士大学
^c位于马里兰州Rockville大卫Martinsen咨询,20850年,美国
^d伦敦帝国理工学院,伦敦南肯辛顿校园,SW7 2 az,英国
^eMestrelab研究S.L.终于,菲·巴雷拉9 b - 15706圣地亚哥德孔波斯特拉,西班牙

DOI:https://doi.org/10.1255/sew.2017.a1

一个有趣的活动在IUPAC大会讨论¹几周前在圣保罗是重新推动更有效和简单的方式提交补充光谱数据。IUPAC部门3特别热衷于使更好的NMR补充数据提交。有消息称,有一些有趣的努力从根本上简化这样的提交。Mestrelab研究开发出了一种解决方案称为Mpublish已测试和部署在伦敦帝国理工学院,旨在降低壁垒补充完整的光谱数据的提交。的EuroSpec项目,^2、3提交系统还处理最复杂的数据需要submission-multi-dimensional核磁共振光谱。亨利Rzepa博客讨论了背景和提交过程,提供了一个链接到他的向导来设置HPC帝国理工学院和上传文件数据存储库以及“公平”原则…(可发现的、可访问的内部可操作和可重用)。⁴

问题被克服

广泛讨论,它是疯狂的,在一个网络时代,科学家要求审查出版物将决定适合的工作被研究了低分辨率的图像数据。在他们的日常工作在自己的实验室,评审员会更好的工具来支持他们的决策。法规遵从性机构更多的集中在数据完整性和整体渴望更好的欺诈防范,使可用的实际光谱数据出版物中主张的证据显然是可取的。有利于资金的身体已经反映在,例如,欧盟指导访问在开放获取研究数据解释的规则,所有的地平线2020资金的受益者。⁵

然而,这样的过程带来了一个不太重要的额外工作量的提交者。这包括整理、注释和提交惩罚的例子在合成有机物化学论文可能会相当大量的文件。更不用说什么格式的问题应该提交电子数据应该如何匹配,提交每个审查员可以阅读。

概述解决方案

所以任何新的尝试减少更真实的障碍提交补充光谱数据是值得欢迎的。这里列出的解决方案是一个协作的方法使用工具的结果S.L. Mestrelab研究一个项目,看看一个端到端的简化是可能的。

图1概述了这样一个解决方案需要体现个人阶段,每一步都是或多或少独立于彼此。现在,这个数字是主要集中在提交过程,但同行评审的结果可以是多种多样的。安吉猎人的引用的一个例子有机的信是评论者可能会要求作者提供更多或纠正补充信息有了最初提交的论文。结果可能仍不批准发布,重新提交论文的有或没有额外的补充数据,当然,也达不到标准要求一个特定的期刊。

图1所示。增强发布工作流与补充数据捕获和提交。

在这个解决方案中。他们处理更复杂的数据类型之一。图2显示了一个典型的例子所需的光谱信息内容的有机化学杂志,有机的信。他们需要指导作者描述了有关光谱(见“手稿光谱”文本框)。

光谱的手稿

光谱将发表在手稿的主体只有当简洁数值讨论总结是不够的。一个简短的总结光谱数据可以在信中提供一个脚注。

信主要处理光谱的解释,这些乐队的形状或精细结构需要说明,可能有资格获得一个例外
当演讲中的光谱纸是必不可少的,只有相关的部分,数据应该提供准备

图2。典型的光谱数据将支持一个手稿有机的信。

完整的光谱数据和图像应该被包括在支持信息(有关详细信息,请参阅复合特征和光谱标准)。

所以,“用户需求”补充光谱数据的提交,任何作者应该遵循并不新鲜,提供明确的指导方向解决方案提供商必须遵循!下面给出更多细节。

Mpublish项目与Mestrelab主要优势之一,软件合作伙伴,与许多第三方核磁共振分析软件提供商一样,已经有许多的工具需要提供格式化的注释和数据呈现在他们的软件解决方案。科学家已经使用他们的工具要么有或没有相关的数据库已经安装所需的大多数功能的初始步骤流程图。

附加功能的工作流围绕报告工具和自动化专门针对手稿提交。

文档报告工具和包装补充数据

这些要求被出版作者广泛接受的关键,从本质上说,他们代表着一种“非生产性”的开销已经紧张的生活。自动化的创建journal-specific峰值位置,耦合常数等信息表已经节省了核磁共振光谱学家多努力和格式化/ css非常适于重建以正确的方式提交到一个特定的期刊。作者应该然后决定改变出版商,它更受欢迎。

图3显示了报告解决方案的一部分特定的文件,加载从本地数据库或者从特定个体选择保存文件之前加载到数据的自动化处理和报告阶段生成的,整个文件保存在一个开放的文档文件格式后如果需要编辑。

图3。自动报告入手分析光谱和化学结构保存文件。

现在的数据准备,数据封隔器有能力执行提交最艰巨的任务之一。有机的信指定的指导部分细节如何提交光谱如图所示的“主要核磁共振数据文件”文本框中。⁶

主要核磁共振数据文件

提交主要核磁共振数据文件(FID文件,采集数据、处理参数)强烈推荐。所有原始初级核磁共振数据支持提交应该保留,如果要求提供。

当提交FID文件:

为每个化合物应该创建一个文件夹
文件夹的命名应该很明显,使用复合数
包括支撑材文件,每个实验采集数据和处理参数
名字每个光谱根据核测量的类型:¹H,¹³C、部门、舒适等。
核磁共振的文件应该被压缩成zip文件(s)

在一个文本文档,包括光谱仪的制造商的名称用于收集数据,采集软件和处理程序用于分析数据,以及磁场强度用来测量每个核(即。,300 MHz¹H或50兆赫¹³C)。包括一个显示了结构和复合结构文件标识符为每个数据集提供。MolFile推荐格式和强烈的首选。

我不会试图找出这需要多少时间做手工,但幸运的是封隔器的数据已经自动化这个过程,在礼貌的问你如果你想创建一个. zip文件中使用的原始数据文件,生成单独的子目录的. zip文件中的每个数据文件命名为适当,便于识别(图4)。现在一切都准备好了接受《华尔街日报》几乎没有额外的努力在传统出版提交没有配套的辅助数据。幸运的是,亨利Rzepa的数据发布工作流程更简单,但来自不同的精神在学术机构正在考虑数据publishers-something详细的地方!

图4。创建一个zip文件中指定有机的信指导方针和单独的目录中的每个数字出版物。

以及如何评估?

所以,我们现在只需要找到一个解决方案的最后一部分工作流程。这里的慷慨软件供应商提供了一个非常简单的解决方案可能是一个令人讨厌的症结。彼得Lampen正确地指出当回顾这个解决方案中,作者似乎过于密切相关,评论家和出版商购买一个特定的软件产品。⁷补充上传数据的原生格式的原始测量仪,它可能读取文件与任何供应商的解决方案,能够解析这些原始数据文件。然而,供应商在这个项目中想出一个好的解决方案。

最后阶段的工作流程要求出版商进行数字签名提交的补充数据文件使用公钥/私钥认证服务。然后评论者可以下载一个免费版本的软件用于创建文件首先阅读数字签名文件,软件解锁的全部能力允许增强评论发生在完整的支持数据。以这种方式获取完整的数据还强烈提高出版商和评论者的能力发现数据欺诈或不必要的操作。

同样值得注意的是,使用供应商软件准备数据没有审查制度工作的先决条件。作者总是可以提交数据准备与处理软件不同,上传原仪器获得的原始数据,可以手动准备处理和原始数据实现出版商格式的期望。在这种情况下,原始数据仍然可以由出版商签署和评审软件的免费版本将仍然允许进行数字签名的完整评估数据。

结论

有可能出版商和软件供应商一起提供工具的光谱社区采取最痛苦的提交真实的光谱作为辅助数据。这种解决方案也可能感兴趣的在公开开放的环境,比如公司内部,安进公司的史蒂夫·霍利斯和她的同事在2016年内附会议解决方案结合许多不同的第三方软件供应商提出了开放获取核磁共振在他的公司。⁸目前并不是所有的期刊等详细要求采用的指导方针有机的信,但解决方案并显示在一个互联网时代可以做更少的工作,同时提交所有补充完整的光谱数据比你需要执行不支持当前的光谱数据处理和报告工具!

引用

国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC), 2017年大会http://www.iupac2017.0rg/assembly.php
访问研究光谱数据和相关的化学知识(EUROSPEC)、项目ID g7rt - ct - 2001 - 05063。http://cordis.europa.eu/project/rcn/60180_en.html
A.N.戴维斯·Lampen S.R.海勒和e·博尔顿,“让梦想”,Spectrosc。bdapp官方下载安卓版欧洲19 - 21 27 (3),(2015)。http://bit.ly/eurospec
H.S. Rzepa,公平的示范专业预览(accessable可发现的,内部可操作和可重用)NMR数据文件使用MestreNova和Mpublish(2016)。https://doi.org/ 10.14469 / hpc / 2923。看到公平的示范专业预览(accessable可发现的,内部可操作和可重用)NMR数据文件使用MestreNova和Mpublishhttps://doi.org/10.14469/hpc/1053设置指南和上传文件数据存储库帝国理工学院,所述M.J.哈维,A·麦克莱恩和H.S. Rzepa,“元数据驱动的数据仓库设计方法”,j . Cheminform。9日4 (2017)。https://doi.org/10.1186/s13321 - 017 - 0190 - 6
欧盟指导方针,规定开放科学出版物和开放获取研究数据在2020年的地平线(3.2版)。(2017年3月21日)。http://ec.europa.eu/research/participants/data/ref/h2020/grants_manual/hi/oa_pilot/h2020-hi-oa-pilot-guide_en.pdf
2017指南的作者,有机的信。http://pubs.acs.org/paragonplus/submission/orlef7/orlef7_authguide.pdf
p . Lampen私人交流(2017年8月)。
霍利斯,d .链和p·惠勒,自动化和集成数据管理在开放获取核磁共振。ACD /核磁共振实验室软件研讨会ENC 2016,星期日,2016年4月10日。