够公平吗?gydF4y2Ba

罗伯特·m·汉森gydF4y2Ba^{一个gydF4y2Ba}Damien Jeannerat,gydF4y2Ba^bgydF4y2Ba马克·阿奇博尔德gydF4y2Ba^cgydF4y2Ba伊恩·布鲁诺gydF4y2Ba^dgydF4y2Ba斯图尔特·粉笔gydF4y2Ba^egydF4y2Ba安东尼戴维斯,gydF4y2Ba^fgydF4y2Ba罗伯特·j·兰开夏郡gydF4y2Ba^ggydF4y2Ba杰弗里·朗gydF4y2Ba^hgydF4y2Ba和亨利·s . RzepagydF4y2Ba^我gydF4y2Ba

^{一个gydF4y2Ba}圣奥拉夫学院化学系,诺思菲尔德,美国明尼苏达州gydF4y2Ba
^bgydF4y2BaNMRprocess。ch, Geneva, Switzerland
^cgydF4y2Ba英国皇家化学学会的,剑桥gydF4y2Ba
^dgydF4y2Ba剑桥晶体数据中心,12联盟,英国剑桥CB2 1 ezgydF4y2Ba
^egydF4y2Ba北佛罗里达大学化学系,杰克逊维尔,佛罗里达州,美国gydF4y2Ba
^fgydF4y2Ba国家电力、可持续环境研究中心、学院计算、工程和科学,英国南威尔士大学gydF4y2Ba
^ggydF4y2Ba大学的名誉教授、化学系、西印度群岛,莫娜校园,牙买加金斯敦7日gydF4y2Ba
^hgydF4y2Ba美国化学学会出版部门,美国马里兰州罗克维尔gydF4y2Ba
^我gydF4y2Ba化学系、伦敦帝国理工学院、分子科学研究中心,白色城市校园,82木巷、英国伦敦W12 0,gydF4y2Ba

DOI:gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1255/sew.2021.a9gydF4y2Ba
©2021年作者gydF4y2Ba
基于知识共享发布的执照gydF4y2Ba

在2021年到达COVID-19跳动的承诺,与现实混合疫苗延误和应对全球大流行威胁的国际共识,这是一个奇怪的感觉是写一篇关于所有发现的能力,获取、理解和重用的光谱数据。然而,有效地、自由地分享信息的核心需要任何全球努力打败大流行。虽然民族主义倾向总是提高他们丑陋的头有时紧张,只有通过强劲的全球合作和自由访问数据,我们可以希望将损失降到最低和最亲近的人我们!gydF4y2Ba

国际科学理事会报告打开科学的记录gydF4y2Ba

2021年2月刚刚看到ISC报告的出版开放科学的记录:在数字时代使得科学学术出版工作图1。gydF4y2Ba^1gydF4y2Ba

图1所示。ISC报告打开科学的记录。gydF4y2Ba

一个PDF版本的报告是适当的免费下载在那些想要读它gydF4y2Bahttps://council.science/wp-content/uploads/2020/06/2020-02-19-Opening-the-record-of-science.pdfgydF4y2Ba。我喜欢这份报告的事情之一是,它从最基本的开始,简要解释“为什么科学问题”包括明确声明新的实验和观察公开的交流沟通通过科学的发表记录。出版过程的重要性,很好地总结与“gydF4y2Ba出版过程,实现这些目标和适应的需求和优先级科学的学科和跨学科合作是必不可少的,科学作为全球公共利益的功能gydF4y2Ba”。gydF4y2Ba

ISC报告罗列了科学出版营销的七个原则在现代科学出版需要为我们服务,而且需要长期持久的:gydF4y2Ba

1. 应该有普遍开放获取科学的记录,为作者和读者。gydF4y2Ba
2. 科学出版物应开放许可,允许重用和文本和数据挖掘。gydF4y2Ba
3. 严格的和正在进行的同行评审的记录的完整性至关重要的科学。gydF4y2Ba
4. 数据/观察潜在的发表真理声称应该同时出版。gydF4y2Ba
5. 科学应该保持的记录,确保开放获取的后代。gydF4y2Ba
6. 不同学科的传统出版应该得到尊重。gydF4y2Ba
7. 系统应该适应新的机遇而不是嵌入的基础设施。gydF4y2Ba

光谱学家,开放获取周围的原则,文本和数据重用和需要同时发布加强本专栏已经从一开始的位置。我们没有空间去通过整个报告,但它非常值得强调他们的方法科学数据的重要性,其中包括一个非常强大的声明gydF4y2Ba”出版的数据一样重要,有时甚至更重要的是,比发布书面文本”gydF4y2Ba。私立学校委员会gydF4y2Ba^2gydF4y2Ba具体指的是公平的原则,我们已经介绍了数据的几篇文章中,包括报道IUPAC CODATA研讨会“支持公平交换的化学数据通过标准发展”在阿姆斯特丹举行的2018年7月,gydF4y2Ba^3gydF4y2Ba导致2019年成立一个IUPAC项目。gydF4y2Ba

IUPAC FAIRSpec项目gydF4y2Ba

阿姆斯特丹车间后,建议提交IUPAC项目跟进的行动在车间同意。的标题下的项目gydF4y2Ba发展一个公平的标准光谱数据的数据管理gydF4y2Ba主持下,推出的IUPAC委员会出版物和Cheminformatics数据标准在COVID开始流行于2020年3月18日(gydF4y2Bahttps://iupac.org/project/2019 - 031 - 1 - 024gydF4y2Ba)。项目目标文本框中所示。今年有很多的工作在IUPAC究竟是什么角色,作为化学标准化机构,可以在公平的倡议。IUPAC显然许多cheminformatics数据标准的所有权和责任,尤其是JCAMP-DX一系列光谱数据标准,地方IUPAC反应在一个特殊的位置,当环境,这些标准都是彻底的变化。公平就是这样一个突破性的改变,正确的存储和访问数据处理机会意味着“最低基本元数据”的方法的原始标准需要由标准化的大多数最新的相关元数据与光谱数据集。实际上,这一列挑战光谱社区在最近的一篇文章叫做“你认真对待你的元数据吗?”。gydF4y2Ba^4gydF4y2Ba

项目团队产生一个有用的图,因为他们继续评估当前的可用数据集合。这是复制的例子在图2核磁共振数据。gydF4y2Ba

图2。可重用的是我们的核磁共振数据如何在科学出版物。gydF4y2Ba

IUPAC项目的一个优点是能够利用一些领域的创新者,我们积极的人gydF4y2BaFAIRifyinggydF4y2Ba自己的工作环境。以下部分将展示几个例子的工作进展。gydF4y2Ba

从ACS出版物陪同光谱数据的例子:提交真实数据(杰夫·朗)gydF4y2Ba

2020年2月,ACS出版物开始一项计划,鼓励作者提交核磁共振的原始数据,包括自由感应衰减(FID)文件,采集数据和处理参数在一个zip文件与他们的手稿在提交时支持信息。两个期刊,gydF4y2Ba《有机化学》杂志上gydF4y2Ba和gydF4y2Ba有机的信gydF4y2Ba加入这个项目通过发布一个共同社论。gydF4y2Ba^5gydF4y2Ba目标是利用现有学术基础设施鼓励数据发布和衡量从化学界出版的数据支持。gydF4y2Ba

在第一年的计划,这两个期刊出版近200手稿与NMR的主要数据,证明早期的支持。这些数据可用在手稿评论和接收DOI在出版。ACS为作者提供了一个工具软件包的主要数据和元数据结构标识符,ORCID和资助标识符。这些数据将使生成的包更符合公平原则,gydF4y2Ba^6gydF4y2Ba但作者更愿意自己包数据,常常放弃这些元数据。未来的工作将集中在激励和工作流需要征求该元数据在一个可伸缩的方式。gydF4y2Ba

附带的例子从皇家化学学会的光谱数据:ChemSpider(马克阿)gydF4y2Ba

ChemSpider包含大约400000 community-submitted核磁共振,质谱和红外光谱、紫外可见(大多数来自现有的集合或项目)。尽管这是一套重要的光谱,它代表一个小比例的总ChemSpider记录> 1亿。ChemSpider记录可以通过搜索找到结构、文本、实验或计算属性,或组合。但是,目前还不可能限制搜索只记录包含spectra-the用户必须点击记录发现如果一个光谱。光谱内ChemSpider记录是免费提供给所有用户(图3是一个示例ChemSpider条目乙醛)。目前,ChemSpider api不支持检索光谱,限制机械加工的机会。绝大多数(300000年~)是JCAMP格式的,所以他们率高可重用性。交互式查看器(JSpecView)允许可视化JCAMP光谱的记录页面。gydF4y2Ba

图3。ChemSpider数据的例子。gydF4y2Ba

使用标准化的光谱数据元数据来促进跨洲增强工作流(罗伯特·汉森)gydF4y2Ba

在内部讨论项目中,它已成为明显的化学结构表示很可能是最重要的一个“元数据”对象与光谱相关。在早些时候的一篇专栏文章,gydF4y2Ba^7gydF4y2Ba方案,介绍了一种核磁共振光谱可以预测(最初gydF4y2Ba^1gydF4y2BaH,但现在gydF4y2Ba^13gydF4y2BaC)和复合的输入可以是一个名称或一个2 d结构与JSME画。这依赖于一代的足够的信息,可以转发到nmrdb.org在洛桑联邦理工(EPFL)处理(图4)。gydF4y2Ba^{8 - 10gydF4y2Ba}

图4。使用横贯大陆从结构光谱数据处理。gydF4y2Ba

化学结构的元数据,如原子之间的连接表或简单的化学名称输入,允许处理开始,如表1所示。gydF4y2Ba

表1。信息交换的路径从一个结构和一个名字。gydF4y2Ba

从结构:gydF4y2Ba
JSME >微笑(H原子)gydF4y2Ba	当地的gydF4y2Ba
NCI微笑> > 2 d自卫队文件(与H原子)gydF4y2Ba	美国gydF4y2Ba
2 d自卫队文件> JSME显示gydF4y2Ba
NCI微笑> > 3 d自卫队文件gydF4y2Ba	美国gydF4y2Ba
从输入一个名字:gydF4y2Ba
NCI名称> > 2 d自卫队文件(与H原子)gydF4y2Ba	美国gydF4y2Ba
2 d自卫队文件> JSME显示gydF4y2Ba	当地的gydF4y2Ba
NCI名称> > 3 d自卫队文件gydF4y2Ba	美国gydF4y2Ba
然后从两种方法:gydF4y2Ba
3 d JSmol自卫队文件和发送到欧洲gydF4y2Ba	当地的gydF4y2Ba
生成修改3 d摩尔文件,发送到里斯本gydF4y2Ba	瑞士gydF4y2Ba
产生化学+ shift +耦合原子相关性矩阵,发送到欧洲gydF4y2Ba	葡萄牙gydF4y2Ba
后续应用二阶耦合算法和谱线增宽谱数据,然后发送作业和3 d摩尔(修改过的)文件gydF4y2Ba	瑞士gydF4y2Ba
2 d和3 d模型两个原子编号使用充分阐述了协调匹配的微笑。*注释JCAMP-DX文件和3 d显示摩尔。交互式原子/峰选择启用。gydF4y2Ba	当地的gydF4y2Ba

*看到gydF4y2Bahttps://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/correlate.htmgydF4y2Ba

NMRDB引用gydF4y2Ba

以下服务可用,兼容HTML5,微笑字符串中嵌入的电话。gydF4y2Ba

^1gydF4y2BaH NMR预测:gydF4y2Bahttps://www.nmrdb.org/service.php?name=nmr-1h-prediction&smiles=c1ccccc1CCgydF4y2Ba

^13gydF4y2BaC NMR预测:gydF4y2Bahttps://www.nmrdb.org/service.php?name=nmr-13c-prediction&smiles=c1ccccc1CCgydF4y2Ba

舒适的预测:gydF4y2Bahttps: /gydF4y2Ba/www.nmrdb.org/service.php?name=cosy-prediction&smiles=c1ccccc1CCgydF4y2Ba

HSQC / HMBC预测:gydF4y2Bahttps://www.nmrdb.org/service.php?name=hmbc-prediction&smiles=c1ccccc1CCgydF4y2Ba

所有的预测:gydF4y2Bahttps://www.nmrdb.org/service.php?name=all-predictions&smiles=c1ccccc1CCgydF4y2Ba

^1gydF4y2BaH NMR预测是可能由于FCT-Universidade新星德葡京的工具由尤里Binev和若昂Aires-de-Sousa。gydF4y2Ba^11gydF4y2Ba

将公平原则纳入本科教学(亨利·Rzepa)gydF4y2Ba

最后一个例子是,亨利Rzepa一直在开发一种新颖的方式获取和传播核磁共振光谱数据,它包含了基本的公平原则为本科生实验说明有机酯的合成羧酸和酚类组件。gydF4y2Ba^12gydF4y2Ba

每个学生一年类被分配一个反应物的不同组合,选择,这样产生的合成产生一个新的分子。检查后,学生提交的样品核磁共振分析和由此产生的仪器数据集获得/加工产生的光谱原始支撑材。学生参与组各自的光谱分析。gydF4y2Ba

最后,学生将出版主仪器fairshare数据存储库中的数据gydF4y2Ba^{13 - 14日gydF4y2Ba}ZIP归档和加工形式的版本还包含一个带注释的频谱(MestreNova存档+ JCAMP-DX)。学生进一步增加了核心元数据记录和启动工作流,包括生成化学标识符(InChI字符串键),并且MestreNova数据集访问许可。gydF4y2Ba^15gydF4y2Ba

出版生产记录元数据注册与持续的标识符(DOI),gydF4y2Ba^16gydF4y2Ba后者最终出现在学生的ORCID研究员概要文件。有足够的元数据信息,允许各种复杂找到搜索承担gydF4y2Ba^12gydF4y2Ba,包括访问信息允许潜在的无监督机器互操作和重用数据如进一步基于ai光谱分析。gydF4y2Ba^12gydF4y2Ba

结论gydF4y2Ba

所以,我们已经有一些很好的例子不同系统之间的互操作性,但是,从上面的例子中,你可以看到他们是几乎所有依赖于开发人员的知识,他们收到的原始光谱数据集的细节,而不是能够呼吁标准化定义元数据的光谱外JCAMP-DX有限使用的标准。半岛综合体育官方APP下载德甲gydF4y2Ba

每个人都请保持安全!gydF4y2Ba

引用gydF4y2Ba

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11. y Binev M.M.品牌,j . Aires-de-Sousa”的预测gydF4y2Ba^1gydF4y2BaH核磁共振耦合常数与联想神经网络训练了化学变化”,gydF4y2Baj .化学。通知。模型。gydF4y2Ba47 (6),gydF4y2Ba2089 - 2097 (2007)。gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1021/ci700172ngydF4y2Ba
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15. 胡须,s . Dominguez c . Cobas D.P. Martinsen c·罗曼H.S. Rzepa f . Seoane,“工作流允许创建期刊文章支持信息和可发现的,可,可互操作的、和可重用(公平)启用出版光谱数据”,gydF4y2BaACSωgydF4y2Ba4 (2),gydF4y2Ba3280 - 3286 (2019)。gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1021/acsomega.8b03005gydF4y2Ba
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