安东尼戴维斯,a、b彼得•Lampenc史蒂芬·r·海勒d和艾凡博尔顿e
一个战略研究小组,测量和分析科学、阿克苏诺贝尔、代芬特尔,荷兰
b国家电力、可持续环境研究中心、学院计算,工程和科学,英国格拉摩根大学
cLeibniz-Institut毛皮Analytische Wissenschaften -账户-汽车集团。、多特蒙德、德国
d马里兰州银泉InChI信任,20902年,美国
e国家生物技术信息中心,美国国家医学图书馆的贝塞斯达,MD 20894,美国
工作在一个新家庭国际光谱数据的光谱数据银行(IS-DB)目前正在进行中,所以我们认为它适合回顾成立,想想我们已经走了多远。
在联合工业/学术会议”链接和解释光谱通过分子结构”(LISMS)由华威大学在1996年,一个运动的基础是进行主动产生光谱数据提交系统,以支持辅助数据在科学出版物。当时这个愿景强烈受很多因素的影响。增加计算能力开始允许更多复杂的数据分析需要由更好的记录和更全面的参考质量光谱数据,现有的集合,除了少数例外,测量在旧技术和代表只有一小部分已知的化学物质。即使是最大的参考光谱收集当时代表不到1%的化学称为化学文摘服务记录的索引号。一个优秀的领导已经在这一领域的蛋白质结晶学社区,是预期严重晶体学家们一直把他们的参考数据集用于生产科学出版物。这些晶体坐标可以用来帮助所有晶体学家们在他们自己的工作,从而可以通过蛋白质晶体数据银行。华威挑战背后的想法是复制基础设施用来整理、质量控制和发布PDB光谱数据。1,2
“需要一个分析参考数据档案:一项决议”3所示。1996年9月 化学、医药和材料行业是一个主要的经济力量和工作提供者在欧洲。bdapp官方下载安卓版保持研发了解世界其他国家的重要的是欧洲的科学和经济成功。bdapp官方下载安卓版 |
文本框。沃里克的挑战
会议的挑战
与一个小团队基于会议组织者承诺跟进争取资金开始的挑战。这个系统应该如何工作的细节是很多会议上敲定事件都在欧洲和美国在接下来的两年。bdapp官方下载安卓版主要科学出版社的支持,学术和纯粹的商业,是寻求;作为他们的支持被视为成功的关键项目。
项目的目标之一是建立一个工作流将允许一种增强的同行评审过程到位。最初提交的光谱数据可用的出版商和通过一个安全的链接,这篇论文的审稿人的光谱。这一概念将使一个增强的同行审查虽然访问完整的高分辨率光谱数据缓解困难的工作评论者必须执行,通过确认或缓解担忧误解的光谱数据通常只表示为图形图像。的计划是,一旦文章已经发表,光谱数据和相关的化学信息将通过电子版本的特定出版物的链接。还有一个出版商的咨询委员会计划确保行业的发展可能会影响项目的监控,当系统终于上线的做法没有过时的出版界的一些发展。
规划者设计系统也意识到了,有强有力的支持在社区的主动精神,但如果数据科学家们花时间和麻烦提交之后迅速编译并不可用,这样他们可以开始看到合作的好处,那么这种支持会很快北斗七星。确保社区的需要被保存在项目团队的焦点,一个终端用户咨询委员会也已在计划之中。妥协的光谱软件供应商同意这个项目不会寻求产生光谱匹配搜索选项,但离开的专业供应商,数据提交到归档可以作为单个数据集通过化学和文学参考索引元数据。是令人愉快的,时间一个开创性的概念是什么,相关数据已经成为一种普遍现象在众多的科学出版物,这位置将继续在新访问归档设想。3
图1所示。IS-DB数据输入系统在发射光谱数据和相关的元数据。
资金
bdapp官方下载安卓版欧盟资助的研究框架下寻求竞争力和可持续增长的基础设施部分项目,但需要两个表达式的利益分配资金之前,作为初始评论家很期待看到更好的生存计划的提交的数据要求以外的资金。这些额外的规划,项目意向书收到评审得分最高的所有应用程序在第二电话和详细规划的前进。4
在七年之后最初的会议和挑战是,欧盟资金允许项目于2002年1月推出一个强大的欧洲联盟(文本框2)。bdapp官方下载安卓版
EuroSpec财团
|
文本框2。原EuroSpec财团
图2。修改后的Q ~ DIS /熊猫存档光谱数据的web服务器。
项目能够构建在早期研究光谱数据的收集和处理,所以能够旗开得胜。数据沉积前端必须从零开始,但web前端由CreonLabControl GmbH,科隆,德国、基于定制和配置Q ~ DIS /熊猫电子科学数据管理系统。Achema会议上被选为启动IS-DB系统2003年5月19日。项目团队感到自豪能够启动双IS-DB数据输入和IS-DB归档服务器系统提前一个月。5
需要设置的基础设施来处理人权问题的沉积光谱看到注册成立慈善根据德国法律国际汽车集团光谱数据基地。,who were required to receive non-exclusive rights to the use of the deposited spectra and would hopefully be able to be the organ through which the longer term stability of the system could be organised beyond the lifetime of the European Union funding. Strangely this charity has proved more stable than a number of the original participating organisations! The society has been greatly supported by the original ISAS institute in Dortmund (now the “Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften – ISAS – e.V.”) which was the main location for the data handling servers and continued to serve as the location for the host servers for many years after the project completed.
保持梦想
与原球队搬到不同的角色在不同的组织,积极参与和支持系统已经基本上一个人。沉积的新鲜数据停止了几年前和一些促使德国税收和慈善机构决定的时间来找到一个更持久的,非商业回家提交的数据与原始数据一致沉积担保。大量的科学组织被认为是潜在的继任者,但他们的系统的小字保留权利限制商业的方式使数据在未来这是违反宪法的当前版权持有者。慈善机构的董事会决定,通过斡旋史蒂夫•海勒联系埃文·博尔顿在PubChem项目在国家生物技术信息中心,美国贝塞斯达的美国国家医学图书馆。PubChem项目交易小分子和他们有一个基本精神提供质量数据为广大科学好IS-DB完全一致的业务的社会。6最近几周,彼得Lampen和艾凡博尔顿一直在通过传输光谱的机制和相关的元数据来PubChem以保持数据,首先通过PubChem FTP门户,但为了将它集成到主数据档案随时间变化(图3)。这将确保持续的可用性IS-DB收集光谱社区,直到很久之后所有的参与者有退休!
图3。PubChem搜索界面
引用
- 沃里克A.N.戴维斯,“在楼梯下的挑战”,Spectrosc。bdapp官方下载安卓版欧洲(5)8例,30-33 (1996)。
- A.N.戴维斯,官员鲍文,M.M. Cashyap, r·高瓴j . Hollerton和k·泰勒(Eds),链接和解释光谱通过分子结构。IM出版物,奇切斯特,英国(1997)。ISBN: 1-901019-01-2
- A.N.戴维斯,“在国际光谱数据更新银行项目”,Spectrosc。bdapp官方下载安卓版欧洲13 (5),26 (2001)
- EuroSpec-Access研究光谱数据和相关的化学知识。欧盟批准号g7rt - ct2001 - 05063。
- A.N.戴维斯,p . Lampen p·休斯,“Achema EuroSpec上线”,Spectrosc。bdapp官方下载安卓版欧洲15 (3),25 - 26 (2003)。
- https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
