ACS 2013研讨会上交换的数据格式

罗伯特·兰开夏郡^一个和安东尼·n·戴维斯^{b, c}

^一个西印度群岛大学校园莫娜,牙买加金斯顿
^b专家能力,测量和分析科学、阿克苏诺贝尔、代芬特尔,荷兰
^c国家电力、可持续环境研究中心、南威尔士大学英国格拉摩根

在这版罗伯特·兰开夏郡已同意写他在参与的经历帮助成功组织并主持为期两天的研讨会的化学信息部门(CINF)在最近的246年美国化学学会^thACS国家会议和博览会,在2013年9月8 - 12在印第安纳波利斯的印第安纳会议中心。

这个想法

2012年12月初,罗伯特·兰开夏郡有一个电子邮件从托尼·威廉姆斯暗示他们共同主持一个研讨会会议在2013年9月在印第安纳波利斯ACS会议。杰里米Garritano已同意作为该计划的主席CINF通过他技术项目会议和他们协调。研讨会将中心“可交换的分子和分析数据格式和它们的重要性在促进数据交换”。它将包括交换的挑战分子数据格式和分析数据格式。想法是涉及molfiles的关键开发人员和用户,InChI JCAMP-DX AniML等。在一个相当短的时间内我们已经承诺从近20人,开始安排会谈到会议的主题。

完整的计划

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在早上会议分子数据格式,基思·泰勒和罗杰·塞尔指出,虽然少量的格式都是常用的(就像无处不在的摩尔文件),一些用户不符合摩尔V2000型或V3000发布标准。杰弗里·哈钦森给的描述OpenBabel项目(http://openbabel.org),产生了一个工具箱,读、写和超过110化学转换文件格式和这个不合格造成的困难。

菲尔麦克海尔PerkinElmer:“CDX / CXML用作标准文件格式由美国专利局,j .我所接受。化学。Soc。不能自由兑换的,molfiles /微笑/ InChI,兼容SciFinder (Reaxys, ChemSpider, Spotfire, eMolecules, KRMS,涡…”

在菲尔麦克海尔表示,他指出,优秀的出口正在开放的XML格式的数据来自电子实验室笔记本(ELN)。目前这些通常是专有的。他回顾了CDX和CDXML格式,已被广泛接受和利用。

斯蒂芬·海勒给一个更新和InChI-Trust InChI表示。条码和二维码,InChIs不是设计来解释人类不过是由计算机从结构与现有的结构绘图软件绘制在屏幕上。最初的结构可以从一个再生InChI以适当的软件。他指出,一些视频来试图解释他们的应用程序我们已经生产过了。

斯蒂芬•海勒InChI信任:“太多的‘标准’实际上慢下来,使得到你想要的信息,需要花费很多的时间和精力比InChI”

埃文·博尔顿谈到PubChem中的新特性数据提交门户支持范围广泛的用户定义的数据和数据标准的必要性。巴里Bunin指出,没有标准方法的计算机方法管理大型分子如:多肽、蛋白质或抗体,治疗性疫苗。舵(大分子分级编辑语言)被引入开源方法,辉瑞和在2008年被释放到生产。然后他介绍了协作药物发现(CDD)拱顶作为安全的托管数据库解决方案化学和生物数据的管理和共享。

为下午的会议在光谱数据,第一个演讲是联合从托尼·戴维斯和罗伯特·兰开夏郡,给一些历史JCAMP-DX数据格式。识别给保罗威尔,鲍勃麦克唐纳和珍妮特Grasselli-Brown JCAMP-DX标准的先驱的出版物。我们指出,最早出版的标准是红外(版本4.24),然而我们看到了一些标签4.1,我们不知道任何贴上版本1,2,3或者4.0数据文件!自1988年以来,广泛的技术标准已经公布,从1995年开始他们成为IUPAC的责任。

米歇尔Boruta随后显示过渡从光谱图表纸上手写注释本的电子等价物可以存储在“知识库”。例如,ACD /实验室Spectrus红外和拉曼过程包括独立的知识库。作业可以导出JCAMP-DX文件的一部分。

克莱门斯Anklin确定各种技术的常用数据格式。在核磁共振的情况下这是JCAMP-DX为主。他痛惜,同时2 d NMR JCAMP-DX标准发布之前已经存在,核磁共振的最新接受的标准是5.01在1999年出版,这只覆盖1 d。2 d的版本6格式自2002年以来一直在起草和实施供应商谁能不再等待。

克莱门斯Anklin力量:“核磁共振今天在哪里?

• 数据存储应完成
• 它必须是可能的重建或重新运行数据收集和存储的信息
• 这也适用于可交换的数据格式
• 对核磁共振这意味着:脉冲程序、参数等额外的分离序列,列表,形状的脉冲等。”

斯图尔特粉笔介绍了AnIML规范和强调了使用XML协议的特点和优点,可以充分验证。

“ChemSpider:

• ChemSpider需要存入光谱数据标准格式——JCAMP或图像
• 所有光谱可用http://www.chemspider.com/spectra.apsx
• 数据定期存款
• 学生
• 化学品供应商
• 现在集合”

他指出,从2003年,它被设计为一个替代JCAMP-DX(向后兼容的)。任务组指导过程设置它的宪章》:“开发分析数据标准,可以用来存储数据从任何分析仪器”,虚拟会议每月开发规范。第一组规范是针对在2014年初通过ASTM投票。

鲍勃·汉森完成这次会议提议有分机JCAMP-DX标准,单个文件可能包含分子图形数据以及光谱,结合注释连接这两个。这将允许与云服务交互,摩尔文件可以被传递给一个服务器和一个模拟谱和足够的信息回到应用所需的所有注释以确定峰值。

结论

罗伯特和托尼·威廉姆斯一起成功地将一个项目的ACS读起来像部分人何人至关重要的发展,支持在化学信息学和部署标准化。做得好。

引用

完整的CINF技术项目是:化学信息公告65 (3),39 (2013)。http://bulletin.acscinf.org/node/483;演讲可以通过ACS CINF网站很快

InChI视频

一。InChI究竟是什么?http://www.youtube.com/watch?v=rAnJ5toz26c

b。InChI的诞生http://www.youtube.com/watch?v=X9c0PHXPfso

c。长的InChIKeyhttp://www.youtube.com/watch?v=UxSNOtv8Rjw

d。InChI和岛屿http://www.youtube.com/watch?v=qrCqJ0o4jGs