分析化学家,包括加里Corthals阿姆斯特丹大学的货车的分子科学t霍夫(荷兰)和Veronika岛羚图尔库大学的生物技术中心(芬兰),介绍了SimPhospho,开放源码工具,此处则串联质谱的准确模拟。
蛋白质磷酸化的生化过程起着至关重要的作用在许多细胞过程的监管包括细胞周期、生长、凋亡和信号转导通路。鉴于磷酸化事件的确切分子网站决定了其特殊的交换活动,磷酸化的验证网站的重要性。领先的技术发现和证实蛋白质磷酸化串联质谱分析。它已经成功地用于二十年来确定网站的磷酸化。然而,明确phosphosite任务仍然被认为是具有挑战性的。进一步提高复杂此处则强烈依赖于数据分析能力来解释更复杂的串联质谱光谱。
Dutch-Finnish团队在早期的研究中,开发了一种串联质谱分析的方法解读的基础上,模拟此处则光谱库,使高度敏感和准确phosphosite作业。促进更广泛使用这种方法,他们现在介绍SimPhospho,快速的用户友好的工具,此处则串联质谱的准确模拟。SimPhospho,此处则模拟光谱库是用于验证和补充数据库搜索结果。因此可以提高识别和报告法可靠组织磷酸化蛋白质组。程序可以很容易地与Trans-Proteomic管道一起使用,可以集成在一个phosphoproteomics数据分析工作流程。
SimPhospho是开放源代码的,它是用于Windows、Linux和Mac操作系统。详细描述的软件及其用户手册数据分析以及测试数据可以下载。SimPhospho已经发表在的描述生物信息学。
