力量与乌得勒支大学宣布了一项合作推进研究的三维结构和相互作用的蛋白质质谱分析。阿尔伯特·赫克在乌得勒支大学的实验室一个领导者在蛋白质组学和蛋白质结构和交互的研究质谱分析了二十年。理查德Scheltema最近加入乌得勒支大学的组长集中交联质谱(XL-MS)结构和相互作用蛋白质组学。
协同工作将集中在被困的发展离子迁移谱法(蒂姆)串行和并行积累碎片(PASEF)方法,以及交联剂和XL-MS timsTOF Pro软件4 d-proteomics质谱仪,为了充分利用其独特的大规模、准确的CCS工作流。这些都是本文中描述“碰撞截面的好处辅助前体选择(caps-PASEF)交联质谱”,发表在分子和细胞蛋白质组学。
力量计划商业化协作的结果,研究集成解决方案使用XL-MS蛋白质结构和交互。结合小说,enrichable PhoX交联剂(doi.org/d6m5),由赫克和Scheltema PASEF方法的速度和灵敏度timsTOF职业平台,使更多的发现交联产品产生更多的蛋白质结构信息和交互。先进的分析软件是关键,因为XL-MS数据是更复杂的信息丰富,甚至比典型的强迫蛋白质组学实验。Scheltema正在使创新XlinkX软件处理蒂姆斯/ PASEF数据并将其提供给社区timsTOF Pro用户。
乌得勒支大学的阿尔伯特·赫克评论道:“我们很高兴与力量的进一步发展XL-MS工作流,利用PASEF和独特的大规模的速度,精确的CCS数据在XL-MS提高交联的检测。我们由最初的结果发表在兴奋分子和细胞蛋白质组学并期待进一步推进XL-MS。我们也感兴趣的其他应用程序的离子流动分离和CCS timsTOF Pro glycoproteomics和自上而下的蛋白质组学。”
副总裁Gary Kruppa博士,蛋白质组学在力量,说:“有个人参与的一些概念在2001年XL-MS桑迪亚国家实验室工作,我相信进步由赫克的集团将更经常使用这种技术使用timsTOF职业结构生物学研究。我们与乌得勒支大学的合作将加速采用XL-MS在更广泛的社区结构和相互作用蛋白质组学。”
乌得勒支大学的Richard Scheltema说:“我的小组打算推动PASEF的边界增强XL-MS CCS-aware工作流通过它们。我们有一个显著的持续努力在生物信息学应用分析XL-MS数据使用我们XlinkX软件(doi.org/f72pgx)。我们感到兴奋和开放的数据格式的架构timsTOF Pro XlinkX开发代码,可以使用大规模CCS值准确识别的交联,并进一步改善错误发现率(罗斯福)计算。”
乌特勒支大学Heck-lab & Scheltema-lab
阿尔伯特·赫克和理查德Scheltema的研究小组是嵌入在乌得勒支大学的科学教师。一个大型集团重点发展和应用先进的大规模spectrometry-based蛋白质组学技术。补充蛋白质组学努力,也是著名的基于质谱的结构生物学方面的专业知识,开拓本地质谱和交联质谱分析方法。一组坐标欧洲蛋白质组学研究基础设施(EPIC-XS,bdapp官方下载安卓版epic-xs.eu在荷兰X-Omics)和蛋白质组学的核心计划(www.x-omics.nl)。
