理查德•李一个维塔利·Lashinb安德烈Paramonovb和Alexandr萨哈罗夫b
一个先进化学发展有限公司(ACD /实验室),8国王街东,多伦多。M5C 1 b5,加拿大
bACD /实验室,莫斯科,俄罗斯
介绍
MetID挑战
MetID通常需要的质谱(MS)分析数据,以确定代谢“热点”和阐明生物转化途径。这仍然是主要的挑战,尽管重要的仪器和软件的进步。
MetID解决方案
MetaSense™克服这些挑战,允许用户节省时间和提高合作通过:
- 自动化识别预测和意想不到的代谢物
- 自动生成生物转化地图、稳定和药代动力学的阴谋,和报告
- 交互式检索数据库将光谱和色谱数据关联起来
- 门户网站提供客户访问你的结果和报告
实验
样品
测试的文章添加到鼠肝微粒体蛋白和样本收集四个孵化时间点:
- 试验件在DMSO溶液的浓度为10毫米分发了声分配器(nL) 25日到25μL 10毫米磷酸盐缓冲剂(pH值7.4)包含2毫米NADPH。
- 这个解决方案(12.5μL)添加到12.5μL鼠肝微粒体蛋白(1毫克毫升1)。
- 的反应是终止添加10μL乙腈/甲酸(93:7)在四个具体的时间点(0、2、5和10分钟)。
数据采集
- 精英混合Velos Pro离子阱/ Orbitrap女士
- ESI源积极模式
- 基于列表视收购m / z值的潜在代谢物
- 分辨率为30000(全扫描),15000 (HCD)一份
自动化工作流
图1所示。自动化工作流。
1。数据输入
LC / MS数据集在四个孵化时间点批处理。父结构文件,随着数据集,在新的软件程序自动处理。
2。代谢物的预测和验证
预测的代谢物被限制在阶段1和2。代谢物目标列表生成三个部分:
我。regio-selective模型是用来预测预期的代谢物。
- 概率统计模型应用于确定代谢反应的可能性发生在每一个潜在的代谢化合物识别感兴趣的热点
- 一旦潜在代谢的热点地区对数据库建立了,他们检查的生物转化规则评估代谢反应的类型定义为新陈代谢的各自的网站吗
- 所选的生物转化规则被应用于产生的代谢物结构
- Markush结构也可以生成算法时无法确定离散结构,这对这项研究并非如此呢
图2。特定选择的模型。
二世。预测代谢物根据他们的准确检测质量和理论同位素模式从分子计算公式。意想不到的代谢物被确定使用互补过程采用分级质量过滤器。
三世。结构验证是由父母和代谢物的一份光谱比较,和分裂分析进行父结构分配一份频谱碎片。一旦分配,父母和代谢物一光谱比较在代谢为中心的视图(如图所示)。双离子被关联组合在一起共同的质量变化,即。,如果两个离子分离∆14(脱甲基),如图3所示。
图3。代谢物为中心的视图。
3所示。交互式知识管理
知识数据库
数据自动生成的摘要和更新一个交互式知识数据库完成数据处理程序。如图4所示,预测和意想不到的代谢物被合并成一个单一的生物转化地图,所有质谱相关的结构。所有检测组件生成的汇总表的父母和代谢物的峰值区域所有孵化。峰面积汇总表的图形表示为稳定和动能的阴谋。
图4。摘要视图。
门户网站
一个基于java的web门户设计交流,增加合作努力的结果。观众在这种情况下,包括一个显示生物转化图的主要特征。用户有几个搜索选项:
- 元数据搜索
- 搜索通过子结构,类似的结构,和具体结构
- 通过画中的applet门户网站搜索
图5。门户网站。
