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复合发现者软件
将数据转化为知识
改变你的小分子数据,是否一个小型或大型数据集,从液相色谱(LC)、气相色谱(GC)和离子色谱法(IC),全扫描和MSn数据到见解。热科学复合发现者软件提供了一个完全集成的套件known-parent先进的软件工具和未知的数据处理和解释。复合发现者软件简化复合识别、比较分析和提供广泛的过滤和数据可视化功能易用和强大的软件工作流驱动快速见解从你的有价值的数据。
不管你的小分子的研究应用,从代谢组学稳定同位素标记,环境和食品安全,制药代谢物或杂质识别,可推断出的,可滤取的法医或临床毒理学,复合发现者软件提供了一个无与伦比的工具箱允许您将数据转化为洞察力。
快速链接
关键化合物发现者软件的好处
| 减少鼠标点击的数量 | 知道你的未知数 | 在样本集找到真正的差异 | 了解生物学途径 |
|---|---|---|---|
| 控制你的数据分析和处理自定义工作流,灵活的可视化和分组的工具。分享结果可定制的报告,或者转移你的结果直接热科学TraceFinder软件有针对性的分析。 | 迅速,自信地确定您的未知与质谱库检索对在线mzCloud光谱库,内部热科学mzVault光谱库,以及众多内置注释工具。 | 快速找到重要的统计样本集之间的区别。查看趋势在学习和识别的关键化合物化合物之间的利益使用交互链接显示多个样本组,包括火山情节,PCA, PLS-DA,层次聚类。 | 执行完全没有针对性稳定同位素标记实验,查看路径使用热科学Metabolika KEGG, BioCyc数据库和地图发现化合物直接通路和相关信息。 |
完整的描述和小分子的识别是一个重要的任务,是为了更好的了解我们的身体与药物相互作用,跟踪环境的命运杀虫剂,开发新的化合物,保护品牌声誉,或执行基础研究。了解更多当你下载电子书。
用复合发现者创建工作流软件
复合发现者软件提供了一个广泛的、灵活的和可定制的工具包来处理您的数据。它包括预定义的工作流模板,所以你可以立即启动并运行,或迅速适应一个模板为处理工作流专门为你设计的实验。
工作流编辑器和处理流程
点击图片放大工作流编辑器包括预制模板包含节点灵活的数据处理参数和聪明的拖放功能。设计并保存先进built-for-purpose定制工作流使用广泛的功能来简化数据处理。
研究经理
点击图片放大研究经理使用向导指导您完成建立一个学习的过程,包括定义样本类型和其他变量,如多个时间点或样本变异,如不同的酵母菌株驱动实验相关性在你的解释结果。
结果分析
点击图片放大结果分析交互链接您的数据,并允许您选择如何可视化。在选择和筛选化合物,每个视图自动更新根据你的选择(s)。
注释和生物的解释
点击图片放大无论是未知身份和光谱注释或者稳定同位素标记和解释和生物信息的映射,复合发现者软件允许您轻松地报告结果,存储数据,并分享你的见解。
复合发现者软件得益于热科学Orbitrap-based质谱仪的力量,耦合的LC, GC,或集成电路分离,提供一致的、准确的,高分辨率的数据。这个数据使软件能够使组件样品,确定元素成分,让图书馆自信地匹配和识别未知,包括内置的质量控制流程。
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一致的质量精度和高分辨率光谱数据从Orbitrap-based MS系统使同位素信息获得,为复合davunavir如上所示。分辨率和精度提供了信心作业元素成分和随后的图书馆和数据库匹配,可以进一步证实了使用女士n碎片化的信息。
解释结果和提供见解
研究中,无论是简单还是广泛,产生复杂的数据,包含了丰富的信息。从这些数据得到最有价值的见解,复合发现者软件提供细致的数据处理,其次是深刻的数据回顾和链接功能。
你是否正在进行single-sample分析或广泛的大样本研究中,复合发现者软件为小分子未知的数据处理提供了所需的一切,包括:
- 未知峰检测使用单一性峰质量因素识别和量化与信心
- 先进的统计工具
- 交互式数据可视化功能
- 复合注释工具
- 综合数据库和大规模光谱库
- 生化过程映射
- 没有针对性稳定同位素标记分析
- 归一化大型研究的工具
不管研究样本,每个样本都含有大量的原始数据点。其中的一些数据点,许多不相关。使这个复杂的感觉,但高质量、MS / MS和MSn信息,需要数据减少达到有意义的见解。
点击图片放大在每个数据文件可以有许多数以百万计的个人数据点取决于样品的相对复杂性。自信获得的结果为每个样本,样本,每个数据文件必须有数组的数据点与特征检测,例如,一个单一的化合物与多个同位素峰也有大量的加合物。一旦数据被从原始数据到功能,减少组件可以组装和识别。
工作流可以设置使用拖放功能,使用多个应用程序特定的模板或编辑的模板数据处理方便快捷。每个处理步骤是由一个“节点”占在一个给定的工作流树,它可以连接到驱动器数据处理和解释基于你的学习要求;可以创建新节点使用一个软件开发工具包或自定义脚本就像那些从R或Python,随后使用脚本节点,调整工作流以适合您的需求。
点击图片放大一个预定义的工作流模板没有针对性代谢组学。这个模板是为了发现和识别样本之间的差异。每个节点连接并执行特定的任务。执行,保留时间校准之前检测到未知的化合物和组合在所有样本中学习。元素成分预计使用精确的质量数据,确定化合物使用mzCloud质量光谱库和MS / MS信息。没有从mzCloud匹配,ChemSpider使用。结果与ChemSpider匹配,mzLogic用于排名结果匹配的可能性。产生的化合物然后使用Metabolika映射到生物学途径。如果QC样品,然后执行规范化,随后的微分分析计算(t检验和方差分析)。
复合发现者软件界面简化评审结果通过显示最相关的信息被问的问题;每个情节和表链接,这样你的观点是立即更新,以反映化合物或样本(s),你审核。
点击图片放大色谱叠加的复合结果表默认布局(左上)显示了每一个相关的加合物的提取离子色谱图,见所选复合光谱(右上角)。结果表可以根据显示信息相关的研究,如复合注释、保留时间、峰值区域,统计信息,一份光谱匹配,等等。
点击图片放大复合发现者软件允许你开放相关表快速访问信息用于生成注释。这图中显示相关信息搜索mzCloud质量光谱库(底部)以及相关的实验和库碎片光谱显示为一面镜子(右上角)。
点击图片放大从火山地块微分分析(左),S-Plots从偏最小二乘判别分析(中间)和层次聚类分析(右),很容易想象复杂的数据集,确定使用复合发现者软件统计不同。每个情节都是主动的,所以数据点在图中选择可以在结果表中,反之亦然,帮助确定导致观察到的差异或相似性和跟踪化合物在复杂的数据集。
应用复合发现者软件
复合发现者软件可以用于各种各样的应用程序从代谢组学的环境和食品安全的法医毒理学和药物开发。
代谢组学研究可能非常复杂,因此确保收购优质、全面的数据是具有挑战性的,分析这些数据获得的见解。确保完成样本覆盖通常需要大量的手工工作来创建包含和排除列表数据依赖收购(DDA)实验。
AcquireX,一个自动化的工作流,允许直接审问所有样本组件通过改进MS / MS抽样与自动背景离子排斥和数据采集,关注真正的样本组件。
点击图片放大AcquireX生成一个排除列表从一个空白运行(矩阵匹配)。注射的样本,其次是特征检测和组件装配,填充包含列表与化合物检测样品。一系列的迭代DDA注射。每个注射前一个通知,减少冗余的碎片光谱和最大化相关光谱和代谢物注释。
点击图片放大用DDA AcquireX显著增加独特的化合物的数量和高质量的碎片光谱,所以你获得一个更全面的图片在你的样品是什么,以及增加决策MS / MS的深度信息。
结合AcquireX与其他使复合发现者的工具软件可以显著降低化合物的数量没有MS / MS谱和显著增加化合物的数量与自信的识别和排名假定的识别。
点击图片放大使用DDA AcquireX提高数据质量和创建一个显著增加化合物的数量与MS / MS谱,导致改善mzLogic排名和更高的mzCloud相似性分数,最终提供更高的整体信心在复合识别和假定的未知的识别。
稳定同位素标记可以协助诸多代谢组学研究,和复合发现者软件提供了一系列的数据回顾和可视化工具来支持这个工作流。复合发现者软件自动检测标记化合物(isotopologues)根据公式引用文件中发现的未标记的化合物(年代)。一旦加工,汇率(或公司)可以跨多个文件策划看到响应或叠加Metabolika通路。
点击图片放大稳定同位素标签使用高分辨率质谱数据从Orbitrap-based女士,isotopologues可以很容易地发现和相应的元素成分确定。复合发现者软件很容易想象的标签合并和产生的同位素分布的能力强大的定性和定量分析通量信息直接映射到在Metabolika生物学途径。
复合发现者软件可以执行一系列的单变量和多变量分析中讨论统计分析和数据标准化部分。
复合发现者软件包括结构智能脱烷基化作用/ diarylation和一般的新陈代谢预测功能,让你发现,识别和报告感兴趣的代谢物。杂质和降解产物的识别遵循类似的工作流和依赖于一系列的软件工具和可定制的方法,使自信在复杂样品检测相关的组件。
用于结构注释碎片光谱,碎片离子搜索(鱼)可以定位网站的潜在转换除了使结构说明未知数。
点击图片放大鱼得分节点使片段结构注释和使用热科学HighChem碎片图书馆实际数据来自52000多个碎片方案以帮助本地化(生物)转换。精确匹配以绿色显示,transformation-shifted比赛用蓝色突出显示(上图),展示了转换标识的网站。
点击图片放大得分模式允许你匹配指定的自然或人工同位素标记化合物的模式。包括和使用额外的痕迹如紫外线、PDA、计算机辅助设计和模拟,如无线电标签痕迹,如上所示,确保最小的可能的代谢物,杂质或降解是错过了。
复合类得分节点,提供另一种工具来确保没有遗漏。它使用一组代表性的片段,创建从一个或多个已知分子化合物类,确定其他组件可能相关或来自同一化合物类。
点击图片放大复合类得分节点允许您识别结构相关的化合物,确保没有遗漏,从代谢产物潜在的有毒或有害可榨出的,可滤取的或降解。
复合发现者软件减少样本矩阵通过减少干扰的复杂性,以及针对特定化合物类通过相关的质量缺陷,所以你可以识别、检测和审查复杂数据集的更快。
点击图片放大左上角显示的总离子色谱图(TIC)胆汁矩阵示例,说明潜在的复杂性和基质干扰;左下角显示了生成的跟踪后,使用多个质量缺陷过滤(MMDF)以及它如何可以用来有效地简化复杂基质样品如胆汁、粪便、血液和血浆。右边的图展示了质量缺陷图可用于可视化数据和我使用Kendrick公式,例如未知聚合物识别。所有的数据都是阴谋和数据之间的交互与表内复合发现者软件精简数据审查。
复合发现者软件可以用来分析食物的代谢的命运和结构成分杂质和降解产物,以及检测环境污染物在土壤和水。一旦确认了未知的化合物在环境和食品安全的研究中,他们经常需要使用四极或高分辨率MS-based技术大规模筛选。复合发现者软件允许你直接导出数据到新的或现有的mzVault库或目标列表使用热科学TraceFinder软件的筛选和定量减少的负担转移组织中的方法。
复合发现者软件检测未知代谢物的药物滥用和结构相关的设计师药物;例如许多新药包含相似的结构和复合类得分节点可用于分数检测化合物对常见的碎片离子,因此帮助发现新药的能力基于特征碎片。这些信息可以转移到筛选方法来帮助你跟上不断扩大新药物及其代谢物的数组。一旦未知化合物被确定使用任何可用的多个工作流在复合发现者软件,将数据可以直接导出到一个新的或现有的mzVault库,或有针对性的列表,可以使用热科学TraceFinder软件筛选和定量使用四极或高分辨率MS-based技术。
*仅供法医使用
分析数据获得使用热科学GC-Orbitrap质谱仪为基础,有两个主要工作流程,使利用电子轰击等特定工作流节点(EI)和化学电离作用(CI)反褶积节点。GC-Orbitrap数据可以使用广泛的分析工具在复合发现者,使自信的化合物鉴定,或统计分析,例如。
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两个基于工作流树的例子;首先是EI工作流可以用来发现生物标记物通过统计分析和识别未知化合物通过图书馆搜索,第二是CI的工作流,感兴趣的可以识别未知化合物的分子式的确定和结构说明MS / MS谱。
当使用GC-EI在复合发现者或ci数据,数据分析工具和相关领域很容易访问,以确保简单数据审查,并获得结果。
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上面显示GC-EI化合物鉴定结果视图。上右边,镜子可以看到deconvolved光谱和光谱库。强调在二级表库搜索结果总分,大量分子离子和RIδ:总分是一个综合分数,包括从HRF得分贡献,如果分数;三角洲质量是分子离子的质量精度是否存在deconvoluted频谱;国际扶轮三角洲之间的区别是图书馆国际扶轮国际扶轮和计算。根据总分“94.9”,小于1 ppmδ分子离子的质量,国际扶轮δ值1,有很高的信心在这个标识。
使复合发现者的工具软件
一些工具发挥作用时理解和解释综合数据集。复合发现者软件可以访问大量的线上和线下资源,以及没有直接光谱匹配时使用智能算法来帮助识别未知化合物。
- mzCloud,一个广泛的在线数据库先进的质谱碎片
- mzLogic,可用的数据分析算法,结合了数以百万计的结构与广泛的质谱碎片mzCloud图书馆数据库排序假定的结构未知时没有直接大规模光谱匹配
- mzVault存储库,可以使用当你没有在线访问或需要使用自己的专利库。它提供了访问/女士从mzCloud MS-level内容,或创建自定义的能力,当地的图书馆。
- 统计分析和数据标准化的工具uni -和多元统计分析
所有确定的化合物可以通过这些工具,联系便于选择并出口到多个不同数据源的数据用于分析的下一个阶段。
点击图片放大你可以直接创建或扩展mzVault光谱库或TraceFinder软件格式列表使用文本列表,大规模的列表,包含和排除列表,可以简化分析,后续有针对性的筛选和/或定量分析以最少的努力。
了解更多关于复合发现者的有力的支持工具
数据获得使用GC-electron影响(EI)和化学电离(CI)技术从GC数据可以使用相同的工具集成电路处理,但是有的数据,如未知化合物鉴定和统计分析。理解和解释综合GC EI和CI数据集要求能够自信地deconvolute光谱数据,占大量的碎片(EI),或潜在的多个分子离子(CI),然后后续识别、分析。
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准确的反褶积EI数据执行(上图)来识别基于顶点的所有特性和本保留时间形成化合物。第二,用户可以(可选)计算保留指数基于正烷烃毗邻分析峰的保留时间,来帮助确定化合物在执行库搜索。Deconvolved光谱也搜索与单位质量库,如NIST,或高分辨率精确质量库,如GC Orbitrap库。交叉样品峰分组允许跨多个样本分组相同的化合物在一个批处理,使后续的统计或比较分析。
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类似于EI反褶积,色谱峰的第一步执行反褶积,紧随其后的是分子离子识别。算法寻找[M + H) +每个deconvoluted pseudo-molecular离子化合物,与每个化合物分配额外pseudo-molecular离子,如[M + C2H5] + [M + C3H5] +和甲烷PCI (mh) +;加合物有助于确认分子离子识别模式。
覆盖范围广泛的小分子应用,mzCloud的广泛的结构和化学多样性,确保绝对的信心在任何未知的识别。
利用详尽的高分辨率MS / MS和多级女士n光谱,结合丰富的元数据,世界上最大质n参考光谱库,最广泛的策划质量光谱库提供强大的未知的识别能力。
更多的未知可以自信地认同n和子结构光谱匹配,利用结构检索从在线数据库的全功率或用户提供结构。
如何大规模光谱分裂是世界上最大的图书馆,mzCloud,创造出来的?
许多前体和MSn碎片光谱在逻辑上是组织成谱树mzCloud内为每一个化合物。每一层的光谱树象征着一个女士n阶段,顶级始于n = 1,或前体光谱。每一层可以包含无数的光谱,因为数据是使用各种不同的实验条件,以确保获得广泛代表性的报道随后的片段,增加高质量的搜索结果的可能性。
当你从图书馆没有匹配搜索?你仍然可以利用综合碎片信息包含在mzCloud !通过光谱相似性和sub-structural信息(前体离子指纹),mzLogic可以把所有这些信息,为您提供最好的候选人真正的未知数。
当小分子未知数没有提供一个光谱,我们还怎么能识别它们吗?
最大化你的真正的碎片数据结合光谱库与化学数据库相似性搜索搜索。
创建、编辑和搜索与Metabolika反应通路。可发布图形功能来创建和编辑反应途径,和370多名策划和注释的生化途径包括一系列的生物,你可以很容易地共享途径的知识。
Metabolika也用于分段的信息预测和mzLogic,进一步提高识别未知化合物的可能性。
点击图片放大生物途径的一个例子,可以编辑或添加到包含在Metabolika。
此外,对于稳定同位素标记分析,可以包括你的汇率(或公司)Metabolika给予更全面的观点的途径。
点击图片放大结合稳定同位素标签Metabolika的可视化功能,允许您覆盖汇率信息提供一个高度可视化的方式回顾和报告质量通量分析。
除了Metabolika、复合发现者软件支持和KEGG BioCyc生物通路数据库。复合映射可以显示在两种不同的方式:特定,即。,看一个特定的化合物,这种化合物可以看到路径映射到,或者你可以使用全局视图,您从通路的列表和可视化所有化合物都映射到一个给定的路径。发现化合物可以使用mzCloud证实,例如,嵌入途径和结果数据颜色。
你的数据具有内在价值,因为它是你获得的知识。mzVault提供女士访问和搜索的功能2从mzCloud离线程度的光谱数据,或存储自己的谱库信息。光谱信息,和你的知识,可以自动从复合发现者发送到一个新的或现有的图书馆,然后可以使用复合发现者或TraceFinder搜索软件,使用或编辑热质量科学前沿软件。
即使有大量的在线结构数据库和mzLogic提出结构或子结构,未知数有时仍然未知。它可以用于存储这些信息与你之前确认的图书馆,专有的化合物,并用它来回答这个问题,“我以前见过这个吗?”
对于许多应用程序,复合发现者软件提供了自信的方法识别未知新奇的环境污染物设计师药物和代谢物。下一步对于其中的一些应用程序可以更高的吞吐量和/或定量识别使用四极或高分辨率女士TraceFinder软件,或进一步分析第三方包。
良好的实验设计是至关重要的任何分析,特别是对统计研究,以确保任何潜在趋势观察基于真正的变化发生,而不是那些可以归因于实验效果。大规模研究,有协议的使用集中质量控制(QC)样品是用来实现正常化这些大规模的研究。
点击图片放大使用池QC样品,分析了在数据采集中,允许修正batch-effects。修正每个样本都是单独执行的,上面的图展示了一个曲线拟合QC样品,情节底部显示校正后产生的数据集。此功能是基于发表的同行评审方法邓恩等人在自然界协议。复合发现者软件提供的能力也影响的任何变化的数据预处理和标准化后根据这个协议。
广泛强大的统计工具套件在复合发现者软件完全与帮助您了解化合物/组数据变化和是多少。
统计分析可以使用一系列不同的代谢组学分析,环境、食品安全及掺假,取证,临床、杂质,可推断出的和可滤取的研究;当使用GC-EI和ci数据,统计图图表单个化合物来帮助容易识别相关特性分析。的能力来执行一系列的单变量和多变量分析从微分分析、方差分析、主成分分析到PLS-DA,并结合这些工具的输出通过工作流与化合物鉴定的结果在一个高度图形和交互方式提供深入你的数据可以很容易地报告和共享。
点击图片放大在复合发现者软件演示数据的连接,数据点蓝色的圆圈强调的火山情节(右下角)中选择复合表(左下角)。选择任何复合图自动更新所有情节显示相关数据。相互联系的工具使您能够快速识别差异和化合物或化合物组负责这些差异。此外,它简化后续确认给你过滤和审查相关数据的能力。
复合发现者软件提供了多种方法来可视化复杂数据集和关系,让你能够添加多个情节在监视器来跟踪和查看这些关系和更好地理解您的数据。
点击图片放大从主成分分析(PCA)等公正的审查监督技术的数据偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)和S情节(左)确定化合物的使用产生任何观察到的样本分组。层次聚类(中心)不仅沿着轴,显示了样本的聚类和聚类化合物的轴,它提供用户可配置的热映射可视化聚类。盒须图(右)允许通过分组进行可视化,时间点,和更多的,动态的。
一旦彻底回顾了复杂的数据集,和评估组件产生差异,可能需要更多实质性的分析,以验证/确认化合物造成的差异变化。检查化合物可以很容易地从复合发现者软件导出一系列不同的输出促进额外的分析。更多信息见“自定义,本地库和数据传输”部分。
探索你的化合物之间的关系可以揭示更多的信息和见解到你的数据集。与分子网络,你可以交互式地探索化合物之间的关系在你的分析基于变换和谱相似,例如第一阶段和第二阶段转换。
点击图片放大完全交互式的分子网络可视化浏览器,您可以查看您的数据以不同的方式。确定化合物显示节点(圆圈)和确定关系时,节点连接。选择一个节点(化合物)或连接(转换)显示相关信息(右)确定化合物和相关的转换(s)。所有的可视化数据可以交互地使用阈值过滤,数据质量信息或文本搜索特定化合物或转换。
碎片离子搜索,或鱼,提供快速筛选基于结构相似的化合物母体化合物的分裂模式获得通过理论片段预测或实验n数据。母体化合物的结构和其潜在的代谢产物是用来过滤掉大部分的相关矩阵背景离子,使识别相关化合物的快速和容易。鱼提供广泛的列表l和ll生物转化阶段以及构建定制的列表的能力。
点击图片放大除了过滤结构类似的化合物,鱼自动定位转换网站,标签,彩色编码片段共同适用于父母和过滤的结果。镜子里的情节的例子所示,精确匹配提出了代谢物片段所示绿色和转换将匹配是蓝色的。
的包容HighChem碎片库,其中包含的信息来自52000多个碎片计划,217000个人反应,256000化学结构和216000解码机制来自同行评议的文献,鱼是一个功能强大的工具,有助于使公认的代谢物结构作业,或其他潜在的结构。鱼使用真实的数据来提供更大的信心当提出分裂结构假定的结构和计算得分来描述如何分段数据可以解释为一个给定结构的候选人。
在本白皮书我们解决挑战小分子识别与质谱库。mzCloud光谱库和mzVault软件是为了解决小分子识别的挑战常规和研究应用。
复合发现者软件视频
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复合发现者软件如何视频中性丢失得分
复合发现者软件如何视频分子网络
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